1、納稅主體不明晰

掛靠經營是一種借用關系，呈現的法律關系具有復雜性，常見類型是借用資質。掛靠方和被掛靠方是獨立的民事主體，也應是兩個獨立納稅主體，而掛靠經營表現為交易個人冒用法人資格或特定資質行事，使得市場交易變得主體模糊，納稅主體隨之不明晰。例如某市甲醫藥經銷公司與乙醫院簽有醫藥供應合同，但向醫院銷售的藥品由掛靠到甲公司丙個人提供，醫院銷貨款通過甲公司轉給丙，甲公司負責配送藥品并收取一定費用，甲公司不明晰本身應作為納稅主體申報納稅，而讓丙個人作為納稅主體，到稅務機關代開發票納稅，后被稅務稽查部門查處。

2、會計核算不規范

從法律上講，掛靠方與被掛靠方地位平等，掛靠方的經營方式是自主經營、自負盈虧，財務獨立核算。而現實中由于掛靠方投到被掛靠方旗下，被掛靠方沒有按規定的財務制度規定對掛靠方經營成果進行核算，對掛靠方購進的庫存商品不入賬或沒有單獨記賬，或者設賬外賬、制作虛假入庫單；雙方銷售收入混在一起核算；被掛靠方收取掛靠方的管理費沒有單獨核算納稅；被掛靠方只對掛靠經營者票據審核核算，對其購進、銷售的商品交易性質劃分不清，因而掛靠經營者虛取、虛開發票風險極高。

3、發票使用不合規

掛靠方在用被掛靠方資質經營時，如被掛靠方是增值稅一般納稅人，其按照掛靠方銷售額1-1.5%收取管理費，前提是掛靠方需取得購貨進項增值稅發票，否則按照掛靠方銷售額7-8%收取管理費。掛靠方如購貨未取得發票，便會通過非法途徑購買發票交給被掛靠方抵扣稅款，如其銷售對象不需要發票，又會對第三方虛開發票，非法獲利；而被掛靠方在沒有取得掛靠方購進增值稅發票時，便會買票抵扣稅款，還會向下游企業虛開發票，此時被掛靠經營方收取的管理費實際上是開票手續費，涉嫌虛開發票。掛靠和被掛靠雙方使用發票不合規，都會走上刑事犯罪道路。

4、稅款繳納不正確

由于掛靠經營隱含著上述三個潛在涉稅問題，導致掛靠雙方在納稅申報及稅款繳納出現錯誤。如第1個涉稅問題中，甲醫藥經銷公司應作為納稅主體，向乙醫院開具增值稅專用發票，應按開具發票金額申報納稅，而甲公司讓掛靠銷售個人到稅務機關代開發票，導致少交增值稅和企業所得稅，雖沒按偷稅進行處罰，卻要承擔補繳稅款、滯納金的責任。由于掛靠經營雙方在財務管理、發票使用上的不規范運作，一旦涉嫌虛開發票，不但要受到補稅、罰款等處罰，還要被追究刑事責任。如某市D藥品藥材有限公司打著掛靠經營的幌子，在經營三年期間采取虛構資金流、偽造賬簿資料、變更發票清單等手段，從上游取得虛開中草藥發票抵扣稅款，并向下游11戶企業虛開發票，造成該企業和受票企業少交增值稅、企業所得稅，涉案當事人因涉嫌逃避繳納稅款和虛開發票罪，被移送司法機關處理。